并不是每種空調方式都適用于醫院的各部分，特別是某些室內空氣自循環機組（AirRecirculatedWithinRoomUnits），如風機盤管、各種自帶冷源的掛機、柜機，等。

按美國的相關規定，在手術室、產房，ICU（Intensivecaseunit）、感染隔離室（InfeciousIsoiation）、各種實險室、某些放射科室等許多場所均不宜使用，認為這類設備清潔消毒有困難，并有產生污染的可能，因為這類設備在夏季大部分時間處于降溫去濕的濕工況，潮濕的凝水盤和凝水管內易滋生細菌，存留病毒。由于這類設備直接安置在室內，受噪音要求的制約，驅動風機的轉速低、機外余壓小，難于配置過濾性能略好的過濾器，通常只有一道過濾網，其主要目的在于防止排管換熱器外壁積垢和過風間隙被纖維，在為塵阻塞，影響熱交換效率，并起不到醫院凈化所要求的濾塵、濾菌效果。所滋生的細菌以及細菌新陳代謝的產物將在房間內擴散與循環，得不到必要的控制。醫院限制采用室內空氣循環機組的場所按美國暖通空調工程師協會的規定。
當然對于普通病房只要采取了消毒、滅菌措施和合理的氣流組織，室內空氣循環機組仍不失為一種可取的方案。因為這種空調方式畢竟各室空調系統相互獨立，便于分別調節、控制與關斷。從各病室的隔離性，空周使用的靈活性及便于節能，初投資蘆葦低等方面來看，以及依據國外的運行管理經驗來看，醫院住院部等采風機盤管系統仍是有其優勢的，對其采取完全排斥的觀點，至少在空調技術發展水平的現有階段來看，有欠權衡。一時尚難有更可靠，更經濟合理的方式來代替。
全空氣系統方式在醫院多處采用，某些部門甚至要求設計為全新風直流系統，美國、歐洲與日本的相關要求大體一致。