初效過濾器與中效過濾器在使用過程中需要進行更換，以保證其過濾效果。當滿足一下任何一項條件時，應進行清洗或更換：
1、空調凈化系統運行時，初中效過濾器的壓差數值約為初始壓差值的二倍時。
2、潔凈室環境采取甲醛熏蒸消毒前。
3、空調凈化系統運行時，當初中效過濾器壓差值低于初始壓差數值或無壓差時。拆除或更換初中效過濾器時，應將新風閥、回風閥、排風機閥全部關閉。
初中效過濾器清洗方法：
1、普通化學類：將過濾袋或過濾棉拆下，輕輕抖動，倒出過濾袋內的灰塵和異物后，用飲用水浸泡不超過20分鐘，撈出，用引用水沖洗，輕輕拍打洗滌，直至清洗水澄清。在潔凈的區域內平坦晾干后，仔細檢查濾袋，如有破損，應及時更換濾袋。
2、頭孢菌素類：將濾袋拆下，放入配置好的1%碳酸鈉溶液中，浸泡10分鐘滅活，撈出，將袋內的異物清理干凈后，用引用水沖洗，輕輕拍打洗滌，直至清洗水澄清。在潔凈的區域內平坦晾干后，仔細檢查濾袋，如有破損，應及時更換濾袋。
初中效過濾器更換清洗注意事項：
初、中效過濾器應在室內清洗、晾曬。暫時不用的過濾器清潔后裝入潔凈的塑料袋內密封保存。
各車間初中效過濾器專用，不得互換使用。單獨清洗單獨存放。